Wang L. et al.
Hereditas, 155:11
Identificazione dei geni candidati coinvolti nel metabolismo e nell’accumulo dello zucchero durante la maturazione post raccolto del frutto del pero di “Red Clapp’s Favorite” ( Pyrus communis L.) mediante analisi del trascrittoma
Background
La pera ( Pyrus spp.) è un frutto popolare coltivato commercialmente nella maggior parte delle regioni temperate. Nella frutta, il metabolismo e l’accumulo di zucchero sono fattori importanti per la qualità organolettica della frutta. La maturazione post-raccolta è una caratteristica speciale di “Red Clapp’s Favorite”.
Risultati
In questo studio, il sequenziamento del trascrittoma basato sulla piattaforma Illumina ha generato 23,8 – 35,8 milioni di unigeni di nove librerie di cDNA costruite usando RNA della varietà di pere ‘Red Clapp’s Favorite’ con diversi trattamenti, in cui sono stati scoperti 2629 nuovi geni e 2121 di questi sono stati annotati. Sono stati assemblati un totale di 2146 °, 3650 °, 1830 ° per ciascun confronto. Inoltre, i modelli di espressione genica di 8 unigeni correlati al metabolismo dello zucchero sono stati rivelati da qPCR. I principali costituenti degli zuccheri solubili erano il fruttosio e il glucosio dopo la maturazione post-raccolta dei frutti di pera e sono stati scoperti cinque unigeni coinvolti nel metabolismo dello zucchero.
Conclusioni
Il nostro studio non solo fornisce una valutazione su larga scala delle risorse del trascrittoma di “Red Clapp’s Favorite”, ma pone anche le basi per ulteriori ricerche sui geni correlati al metabolismo dello zucchero.
Abstract
Identification of candidate genes involved in the sugar metabolism and accumulation during pear fruit post-harvest ripening of ‘Red Clapp’s Favorite’ (Pyrus communis L.) by transcriptome analysis.
BACKGROUND:
Pear (Pyrus spp.) is a popular fruit that is commercially cultivated in most temperate regions. In fruits, sugar metabolism and accumulation are important factors for fruit organoleptic quality. Post-harvest ripening is a special feature of ‘Red Clapp’s Favorite’.
RESULTS:
In this study, transcriptome sequencing based on the Illumina platform generated 23.8 – 35.8 million unigenes of nine cDNA libraries constructed using RNAs from the ‘Red Clapp’s Favorite’ pear variety with different treatments, in which 2629 new genes were discovered, and 2121 of them were annotated. A total of 2146 DEGs, 3650 DEGs, 1830 DEGs from each comparison were assembled. Moreover, the gene expression patterns of 8 unigenes related to sugar metabolism revealed by qPCR. The main constituents of soluble sugars were fructose and glucose after pear fruit post-harvest ripening, and five unigenes involved in sugar metabolism were discovered.
CONCLUSIONS:
Our study not only provides a large-scale assessment of transcriptome resources of ‘Red Clapp’s Favorite’ but also lays the foundation for further research into genes correlated with sugar metabolism.
Link all’articolo originale: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28943832
